Испания, 1944 год. В лесах Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистских войск. Десятилетняя Офелия, мечтательная и одинокая девочка, прибывает с беременной матерью Кармен в военный лагерь к своему отчиму — капитану Видалю. Жестокий офицер армии Франко, он безжалостно преследует повстанцев, стремясь очистить регион любой ценой. В этом суровом мире Офелия находит утешение в сказках и неожиданно открывает рядом с домом древний заброшенный лабиринт.
Внутри лабиринта её встречает фея, которая приводит девочку к Фавну, хранителю подземного царства. Таинственное существо раскрывает Офелии её истинную сущность: она — потерянная принцесса волшебного королевства, которую ищет её бессмертный отец. Чтобы вернуться в свой мир, Офелия должна до полнолуния выполнить три опасных испытания, сохраняя их в строжайшей тайне ото всех.